自1954年创立以来，海南热带海洋学院经历了从广东省海南黎族苗族自治区初级师范学校到1977年一分为三，再到1993年的合并成立琼州大学（专科），以及2006年升格为本科院校并更名为琼州学院的历史变迁。在同年，海南省民族师范学校并入，使得学院的规模进一步扩大。2015年9月，学院再次更名为海南热带海洋学院，标志着学院的发展进入了新的阶段。2018年，海南省海洋与渔业科学院的整体转隶，更是为学院的发展注入了新的活力。学院现有两个校区，分别位于海南省三亚市育才路1号和海南省五指山市泰翡路2号。
在学院的发展过程中，毕业证书与学位证书的设计也在不断更新。如2018年的毕业证样本以及学位证样本，均采用了符合学院特色的设计，证书编号为11100，体现了学院对每一位毕业生的认可与期待。
在学院的历史发展中，校长的角色不可或缺。武耀廷于2015年9月至2016年8月担任学院院长，曹瑜在2016年8月接任学院院长，陈锐自2018年2月至2023年7月7日担任学院院长，并在2023年7月7日由党委书记支持行政工作。他们的辛勤工作与贡献，为学院的发展奠定了坚实的基础。
综观海南热带海洋学院的发展历程，我们可以看到一个从小到大，从专科到本科，再到今天的热带海洋学院的奋斗历程。每一次的变更与发展，都是学院为了更好地服务学生，为了更好地适应社会发展的需要。在未来的日子里，海南热带海洋学院也将秉持初心，继续为海洋科学研究，为培养更多的人才，做出更大的贡献。
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